La germandrée d'eau est une plante vivace de 10 à 20 cm de haut, à tige verte, nuancée de violine, velue, laineuse, très rameuse. Les feuilles vert cendré, sont molles, velues, sessiles, oblongues et dentées. Les fleurs, purpurines ou violacées, sont solitaires ou groupées par 2 - 6 unilatéralement, à l'aisselle des feuilles. Le fruit, brun à maturité, est réticulé.