La perce-pierre est une plante annuelle velue, de 10 cm de haut, rampante, à tiges ramifiées, ascendantes ou plus ou moins étalées. Les petites feuilles, alternes, sont toutes brièvement pétiolées, palmées et les minuscules fleurs sont vertes, en cymes condensées entre les sépales et opposées aux feuilles. Le fruit est un akène.